Vindos de várias comunidades catarinenses e paranaenses, por volta de 1895, os primeiros moradores chegaram aos campos e às matas do município. Entre os pioneiros ou primeiros habitantes da terra, destacavam–se Francisco de Souza, Nicolau Spautz, Miguel Spautz, Joaquim Pereira, Arthur Barth e Alfredo de Almeida Mello.
A história do município de Lebon Régis está ligada às primeiras fazendas localizadas na Serra da Boa Esperança, introduzidas pelos desbravadores paulistas, após a conquista dos campos de Curitibanos, do Corisco e de São João. Já no século passado, as sesmarias possibilitaram a formação de alguns núcleos. Devido a isolamento da região, estes núcleos foram pouco desenvolvidos.
Em 1903, na parte norte, foi criado o Distrito de São Sebastião da Boa Vista. Em 1938, o distrito foi elevado à vila, com o nome de Caraguatá. E em 1950, passou-se a chamar São Sebastião do Sul.
Ao mesmo tempo, na parte sul, na região conhecida pelos antigos como Trombudo, formou-se outro núcleo que recebeu os nomes de Salto do Rio dos Patos, Fazenda do Salto, e Santo Antônio do Trombudo. Este foi um núcleo mais fácil de progredir, pois era um local de passagem de tropeiros que faziam os caminhos entre Curitibanos e Caçador. O Arraial de Santo Antônio do Trombudo se tornou distrito em 1934. Em julho do mesmo ano, passou a chamar de Lebon Régis.
Em 1938, o Distrito de Lebon Régis foi elevado à categoria de vila, a qual teve grande desenvolvimento. A população aumentou, o que chamou a atenção do governo, que, em 19 de dezembro de 1958, juntou o Distrito de São Sebastião do Sul e o Distrito de Lebon Régis, criando o Município de Lebon Régis.
Em janeiro de 1959, o então Governador, Irineu Bornhausen, instala o Município de Lebon Régis. O nome do município é uma homenagem ao ilustre catarinense, general Gustavo Lebon Régis, que, por ocasião da Campanha do Contestado, entre 1912 e 1916, era secretário-geral do Estado de Santa Catarina. Ele foi responsável pelo primeiro ataque a Taquaruçu, um dos maiores redutos dos jagunços.
O território que hoje forma o município foi cenário de lutas e combates sangrentos, conflitos entre os caboclos e as forças militares. Muitas foram as consequências da campanha. Ainda hoje, moradores idosos narram as aventuras e peripécias do monge João Maria, do monge José Maria, e do comandante Adeodato. Com a instalação do município, no ano de 1959, o senhor Antônio Granemann de Souza assume, provisoriamente, a Prefeitura.
A partir de sua emancipação, Lebon Régis passou por uma fase de franco progresso, abrigando indústrias madeireiras, fábricas de crina vegetal, além do desenvolvimento agropecuário, o que trouxe mais conforto e bem-estar social à população.